質標所以農產品質量安全、農業標準及檢測技術為研究對象,開展農產品質量安全政策、風險分析、農業標準制修定、農產品質量安全控制技術、檢測技術等研究以及檢測儀器設備的研發工作;承擔國家委托的產品質量監督檢驗工作;統一協調質量標準、農產品質量安全、檢測技術等方面的學科建設及開展相關咨詢服務工作。研究中心主要是承擔農產品質量安全風險分析理論和關鍵技術研究、農產品貿易技術壁壘預警體系建設和快速反應機制研究,負責提供農產品質量安全監控技術支持,參與農產品國際標準的制修訂等。
質標所下設綜合管理處、業務管理處、黨辦人事處和后勤服務中心等4個管理與服務部門,設有政策研究室、信息研究室、風險分析研究室、殘留檢測研究室、農產品質量安全研究室、農業標準研究室、飼料質量安全研究室等7個研究室。依托建有農業部農產品質量安全重點實驗室、國家飼料質量監督檢驗中心(北京)和中國農業科學院農產品質量與食物安全重點實驗室,負責編輯出版《農產品質量與安全》雜志。同時,質標所是WTO/TBT-SPS國家通報咨詢中心農業部聯系點、國家農產品質量安全風險評估專家委員會辦公室和中國國際食品法典委員會(CAC)農業分析方法專家工作組的掛靠單位,是農業部農藥登記殘留試驗單位。